Ο Γιάννης Ζώτος σπούδασε κλασική κιθάρα στο Ωδείο *Hanns Eisler* του Βερολίνου από το 1984 έως το 1989. Από το 1984 έως το 1987 ήταν μέλος του συγκροτήματος *percussion & strings*. Από το 1987 έως το 1989 έπαιζε στο συγκρότημα της Γερμανίδας τραγουδοποιού Barbara Thalheim.
Το 1980, κατά την παράσταση του ορατορίου Canto General (Θεοδωράκης / Νερούδα) στο Βερολίνο, συνεργάστηκε για πρώτη φορά με τον Έλληνα συνθέτη Μίκης Θεοδωράκη. Αυτή η συνεργασία δεν θα διακοπεί ποτέ. Το 1981 και το 1982 πραγματοποιήθηκαν παραστάσεις του λαϊκού ορατορίου Axion esti (Θεοδωκάκης / Ελύτης) υπό τη διεύθυνση του συνθέτη, οι οποίες κατέληξαν σε μια ηχογράφηση σε LP (κυκλοφόρησε από την Eterna). Το 1987 ο Γιάννης Ζώτος ενορχήστρωσε το LP *Gisela May singt Theodorakis* (Amiga). Από το 1990 διευθύνει την ορχήστρα περιοδειών του Θεοδωράκη, γράφει τις ενορχηστρώσεις και συνοδεύει τον Θεοδωράκη στις περιοδείες του στη Γερμανία, την Αυστρία, την Ελβετία, το Λουξεμβούργο, τη Γαλλία, το Βέλγιο, τη Νορβηγία, την Ολλανδία, την Ισπανία, την Τουρκία, το Ισραήλ, τον Καναδά και φυσικά την Ελλάδα. Την ίδια περίοδο, ο Γιάννης Ζώτος συνεργάζεται επίσης με τη Μαρία Φαραντούρη, τον Γιώργο Νταλάρα, τη Δήμητρα Γαλάνη, τη Μαρία Δημητριάδη, τον Έλιο Πασπάλα και τον Πέτρο Πανδή.
Το 1990/91 ενορχηστρώνει το CD *Theodorakis sings Theodorakis* (Intuition), το 1995 το CD *Birthday Concert – Mikis Theodorakis & Maria Farantouri* (Tropical Music) και το 1997 το CD *Together - Mikis Theodorakis & Sülfü Livaneli* (BMG). Μεταξύ 1997 και 2004 συνοδεύει επίσης τη Μαρία Φαραντούρη στις περιοδείες της στην Ευρώπη και την Αμερική.
Το 1990 ο Γιάννης Ζώτος ιδρύει μαζί με τον αδελφό του Θανάση Ζώτο την «Zotos Kompania» και αρχίζει να ασχολείται εντατικά με τη ρεμπέτικη μουσική, τη μουσική της Μικράς Ασίας και την παραδοσιακή ελληνική μουσική. Εντείνει το παίξιμό του στο μπουζούκι και αρχίζει να παίζει ούτι (δάσκαλός του είναι ο Σύριος Φαρχάν Σαμπάχ). Με την πάροδο του χρόνου, η Zotos Kompania αναπτύσσει ένα δικό της, αδιαμφισβήτητο στυλ παιξίματος ρεμπέτικου. Η ελληνική τηλεόραση ERT γυρίζει ένα ντοκιμαντέρ για τη Zotos Compania κατά τη διάρκεια μιας περιοδείας στην Ελλάδα. Το 1995 κυκλοφορεί το CD *Deviation – Zotos Kompania live in Concert* (Cooleur) και το 2004 το CD *Lethargía* (anjoke). Το συγκρότημα προσκαλείται το 2001 στο φολκ φεστιβάλ Gooik/Βέλγιο και το 2004 στο φεστιβάλ χορού και φολκ Rudolstadt / Γερμανία.
Από το 2002, ο Γιάννης Ζώτος, ακολουθώντας την παράδοση των Ελλήνων συνθετών, αρχίζει να μελοποιεί ποιήματα Ελλήνων ποιητών. Μια σημαντική ανακάλυψη για τον Γιάννη Ζώτο ήταν ο ποιητής Μίκης Θεοδωράκης. Ιδιαίτερη προσοχή δίνει στα πρώιμα κείμενα του συνθέτη. Αρχίζει να τα μελοποιεί. Το έργο αυτό ολοκληρώνεται το 2009 με το CD *Οι σιγανές φωνές της μνήμης*. Ο Ζώτος επιλέγει συνειδητά για αυτά τα τραγούδια τη μορφή ροκ ποπ τραγουδιών. Ακολουθούν και άλλα άλμπουμ: «Amour Fou» (2013) με ποιήματα της Μαρίας Πολιδούρη και του Κώστα Καρυωτάκη, *Hydra* (2023) με ποιήματα του Γεωργίου Σεφέρη. Με την ευκαιρία των 90ων γενεθλίων του Μίκη Θεοδωράκη, ο Ζώτος ηχογραφεί ένα άλμπουμ-αφιέρωμα, *Zotos sings Theodorakis* (2015).
Ο Γιάννης Ζώτος συνθέτει μουσική για τον κινηματογράφο και το θέατρο (*Diese Landschaft ist hart wie das Schweigen* – ταινία του Ρίτσου, σκηνοθεσία: Joachim Tschirner / *Sunny Point*, ταινία μεγάλου μήκους, σκηνοθεσία: Wolf Vogel / *Αντιγόνη* του Σοφοκλή, Neues Theater Halle, σκηνοθεσία: Alexander Stillmark / *Der Auftrag* του Heiner Müller, σκηνοθεσία: Thomas Bischoff / *Faust I* του J.W.v.Goethe, σκηνοθεσία: Thomas Bischoff / *Der Sondeur* του Γιάννη Ρίτσου, σκηνοθεσία: Thomas Bischoff / κ.ά.). Το 1998 κυκλοφορεί το CD *Sonne u. Zeit* της Μαρίας Φαραντούρη και του Rainer Kirchmann (Lyra), για το οποίο ο Γιάννης Ζώτος έγραψε μέρος των ενορχηστρώσεων.
Δήλωση του Μίκης Θεοδωράκη για το CD «Οι σιγανές φωνές της μνήμης»
«Μέχρι τώρα, σε όλη μου τη ζωή, ήμουν συνηθισμένος να μελοποιώ ποιήματα άλλων. Με τον Γιάννη Ζώτο, τώρα οι ρόλοι αντιστρέφονται και ομολογώ ότι αυτό μου προκαλεί ένα άγνωστο συναίσθημα. Τώρα γίνομαι ποιητής, που πρέπει να αποφασίσει σε ποιο βαθμό η μουσική ανταποκρίνεται στην ουσία των λέξεων μου.
Η πρώτη μου θετική αντίδραση αφορούσε την επιλογή των ποιημάτων, τα οποία, το καθένα ξεχωριστά, ανήκουν στις πιο βαθιές, κρυφές γωνιές της ζωής και των σκέψεών μου. Η δεύτερη, επίσης θετική, κατά τη γνώμη μου, αφορά τη μουσική γλώσσα στο σύνολό της: τη μελωδική γραμμή, την αρμονία και ιδιαίτερα την ενορχήστρωση με τα μέσα της ροκ μουσικής, τα οποία όλα μαζί δημιουργούν μια ατμόσφαιρα λυρισμού, ποίησης και μαγείας.
Αυτό με επαναφέρει προσωπικά σε εμπειρίες και εποχές που ζούσα στην κόψη του ξυραφιού, ανάμεσα στο πραγματικό και το φανταστικό, το αληθινό και το ψεύτικο, το συνειδητό και το ασυνείδητο, που για μένα είναι και ήταν ο βαθύς και μοναδικός ΈΡΟΣ, που με εξαντλεί και με λυτρώνει χωρίς αρχή και χωρίς τέλος.
Για αυτούς τους λόγους, χρωστάω ευγνωμοσύνη στον Γιάννη Ζώτο, γιατί με τη μουσική του, όταν την ακούω, με βοηθά να πετάξω με τα φτερά των στίχων μου σε έναν κόσμο ονείρου, μιας ζωής της οποίας την ύπαρξη δεν είχα συνειδητοποιήσει μέχρι τώρα.
Τέλος, θα ήθελα να συγχαρώ τους εξαιρετικούς μουσικούς που συμμετείχαν στην υλοποίηση αυτού του τόσο επιτυχημένου έργου.
Αθήνα, 25 Σεπτεμβρίου 2009
Μίκης Θεοδωράκης»
Το 2016, ο Θεοδωράκης έγραψε για τον μακροχρόνιο σύντροφό του, φίλο και συνάδελφο μουσικό:
«Είμαστε λοιπόν 37 χρόνια μαζί με τον Γιάννη, χρόνια θερμής φιλίας, γεμάτα μουσική, πρόβες, ηχογραφήσεις, συναυλίες και συνεργασίες.
Θεωρώ τον Γιάννη ως έναν από τους δικούς μου, ναι, ως μέρος του εαυτού μου, ως αδελφό ή καλύτερα: ως παιδί μου. Όταν έγινε συνθέτης, χάρηκα, συγκινήθηκα και με γέμισε υπερηφάνεια. Ακριβώς όπως τώρα, με το νέο του άλμπουμ, στο οποίο ερμηνεύει τα τραγούδια μου. Τον ευχαριστώ και του εύχομαι κάθε επιτυχία».
Ο αείμνηστος μουσικολόγος, κριτικός και δημοσιογράφος από τη Δρέσδη, Peter Zacher (ο οποίος συνέβαλε σημαντικά στο να δώσει ο Μίκης Θεοδωράκης πολλές συναυλίες στη Λαϊκή Δημοκρατία της Γερμανίας τη δεκαετία του 1980), έγραψε πριν από χρόνια για μια από τις σπάνιες συναυλίες του Γιάννη Ζώτου στη Δρέσδη:
«Τώρα η ομάδα του Γιάννη Ζὠτου παρουσιάζει ένα νέο είδος τραγουδιών, που δεν συναντάται πολύ συχνά στην ιστορία της ελληνικής μουσικής: τα ρομαντικά, ήσυχα τραγούδια. Μοιάζουν περισσότερο με τα κεντροευρωπαϊκά τραγούδια τέχνης.
Όπως το μαλακό νερό νικάει τη σκληρή πέτρα, έτσι και αυτά τα τραγούδια μπορούν να σπάσουν τις σκληρύνσεις και να αγγίξουν τα βαθιά κρυμμένα συναισθήματα στις ψυχές των ακροατών. Αυτά τα τραγούδια είναι ελαφριά σαν πούπουλα, μπορούν να μας τυλίξουν εντελώς και να μας μεταφέρουν σε έναν άλλο κόσμο.
Σίγουρα αυτά τα τραγούδια δεν θα αλλάξουν τον κόσμο, αλλά έχουν τη δύναμη να αλλάξουν εμάς τους ίδιους, αποκαλύπτοντας πράγματα που πιστεύαμε ότι είχαμε χάσει ή που νομίζαμε ότι δεν είχαμε ποτέ.